二战后的十数年，日本从战败的阴影中逐渐走出，进入了经济高度增长的时代。然而强硬的经济政策也导致失业率的不断攀升，各种反政府武装势力不断抬头，安定的社会治安荡然无存。为了应对这一难题，政府建立了拥有高度自主权的首都圈治安警察机构，通过精良的装备和果断的武力来打击以“党派”为首的反政府组织。随着经济不断发展，崇尚暴力的首都圈警察和“党派”逐渐遭到民众的厌弃和孤立。在一次激烈血腥的交战中，隶属“党派”的少女阿川引爆炸弹自杀，目睹这一幕的首都圈警察成员伏一贵心灵受到前所未有的冲击。这一刻起，他的人生悄悄发生转变……

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50 名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘 J、T、R 上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。50 名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供 5 个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是 19 世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。