距离电视剧《X档案》改编的第一部电影，已经有十年的时间。这次《X档案2》再次归来，探员穆德与史考莉仍是影片主角，并且两人关系也有了新的进展。 　　美国弗吉尼亚州发生多起怀孕妇女失踪案件，在当地警方与FBI调查后，最后被草草结案。穆德与史考莉这对搭档得知这起案件后，立刻深入调查，并因此发现背后的恐怖真相……

一次意外中，莎拉（朱迪·福斯特 Jodie Foster 饰）在酒吧被人强暴，在一旁围观的男人们非但没有出手制止这可怕的暴行，反而幸灾乐祸的加入了其中。事后，身心都受到了巨大创伤的莎拉将这些可恶的男人告上了法庭，没想到社会舆论却反过来指责她的放荡和品行不端。凯瑟琳（凯莉·麦吉利斯 Kelly McGillis 饰）是负责为莎拉辩护的检察官，身为女人，她对莎拉的不幸遭遇有着更深的理解和同情。审判的结果公布了，犯下罪行的男人们只被判了九个月的有期徒刑，本用来惩奸除恶的法律最后却沦为了犯罪者的保护伞，愤怒的凯瑟琳决不能坐视不管。在凯瑟琳和莎拉的不懈努力下，恶人终于受到了应有的惩罚，两个女人通过她们的行动，挽回了身为女人的勇气和尊严。

两对新人参加了共同朋友的婚礼，最后交换了伴侣。

这部电影是日本电影《秘密》(1999) 的重拍版。 　　医生本杰明•迈瑞斯（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）拥有一个幸福的家庭，但一场灾难打破了眼前的和谐。妻子汉娜（Lili Taylor 莉莉•泰勒 饰）在和叛逆的女儿萨曼莎（Olivia Thirlby 奥莉薇•瑟尔比 饰）争论时不慎出了车祸。昏迷后苏醒的汉娜因过于激动而死亡，但灵魂却进入了女儿的躯体。 　　迈瑞斯起初并不相信，但“萨曼莎”却接连说出两人生活中的细节，于是不情愿接受了眼前的事实。“夫妻俩”相约保守这个秘密，并努力找回丢失的女儿，汉娜则籍此走入女儿的内心世界，对叛逆的萨曼莎有了更深的理解……

在不久的将来，一名警官专门研究故障机器人。当一个机器人被编程为杀人时，他开始发现一个杀人阴谋来制造杀手机器人，他的儿子成了目标。

莉比-帕森斯(阿什莉-贾德饰)是一位生活在西雅图的年轻母亲，其幸福、快乐的家庭生活令人羡慕。丈夫尼克(布鲁斯-格林伍德饰)是一位风流倜傥的男子，同时又是一位事业有成的商人。莉比五岁的儿子麦迪也非常招人爱怜。一个周末的夜晚，夫妻俩和往常一样，驾驶着私家游艇在静寂的湖面上游弋。入夜，莉比从睡梦中醒来，却不见了丈夫的踪影。她惊奇地发现不光她的身上沾满鲜血，而且游艇的甲板上也遍布了血迹。很快，莉比成了谋杀尼克的头号嫌疑犯，警方怀疑她是由于贪图尼克的二百万保费而谋杀了亲夫。最终，无辜的莉比被判入狱监禁十年。行将服刑之际，莉比将爱子麦迪托付给她最信赖的好友安吉。然而，就在莉比入狱后不久，安吉与麦迪便告神秘失踪。在狱友玛格丽特与伊芙琳的帮助下，莉比开始利用电话查找好友与儿子的下落，并坚持不懈地向警方证明她的清白。而且她越来越怀疑丈夫尼克可能还活在世上，但她不明白深爱她的丈夫是出于何种目的而迫使自己遭受牢狱之灾的。玛格丽特曾是一位优秀的律师，后因误杀丈夫而被判入狱。玛格丽特提醒莉比：如果尼克还没死，她可以畅行无阻地对尼克还以颜色，因为一个人不可能因同一罪名被起诉两回。六年之后，莉比获得假释，失意但不失善良本性的老警官塔维斯-莱曼(汤米-李-琼斯)成了莉比的监护人。在一次极其偶然的情况下，莉比发现尼克已改换了身份，正同安吉与麦迪生活在旧金山的某一个角落。莉比开始不惜一切地从警方的监视下逃脱。警官莱曼也自然承担起了追捕莉比的使命，他的内心隐约感知莉比是清白无辜的。与此同时，穷凶极恶的尼克却准备伺机谋取莉比的性命，在莱曼的暗中协助下，莉比最终让尼克得到了应有的报应。已恢复清白声誉的莉比终于与儿子得以团聚……

安吉是一个中年毒贩，谁满足了年轻学生大卫的自虐幻想。大卫股与寂寞日志企业职工托尼住所。其他人物 - 安吉的室友南茜，安吉的儿子伊桑和她的老母亲艾比也很孤独和绝望的人际交往。

浩瀚星际，广大无边，在月亮上面发生一场意外，而现在是改变未来的时机，地球上没有人知道有什么事情，只有一个孩子愿意去发掘真相，艾米克·米歇尔是一位满心向往能够到外层空间探索宇宙的高中生，在一次偶然的机会中他遇到内敛寡言的前退休航天员保罗，故事就这样发生了。