故事的背景设定在公元2257年，人类已经突破光速，开始大规模星际旅行及在太阳系附近殖民，与多个外星文明接触并有贸易联系。一天，一艘地球联邦的星际驱逐舰在探索未知星际空间的时候遇到一艘不明星船，因为误判对方意图而先敌开火。对方叫明巴利外星族（Minbari），比人类早进化发展几千年，其技术人类无法望其项背。不巧的是地球星船孤注一掷先敌开火的时候把灰色議會議長杜哈的给干掉了（那位老兄其实知道按大设计蓝图，明巴利必须与地球人联合并融合，这次到这里也不是闲逛，而是准备与地球人第一次亲密接触）。于是明巴利对地球开战，摧枯拉朽所向披糜，在对地球本土最后一击的过程中，明巴利却突然停止进攻并宣布投降。总之，停战后地球出资在中立空间建设“巴比伦空间站"，致力星际交流、谈判及和平合作。前面四座都被摧毁或莫名其妙消失，于是有了巴比伦5号。巴5军头Sheridan和明巴利大使笛嵐（Delenn）带领众喽罗，联合火星殖民地抵抗力量反对地球联邦通过谋杀政变而上台的独裁总统，联合各外星文明反击神秘黑暗种类——影族（Shadows），向佛隆人（Vorlon）说不，最终走上独立自主自力更生的发展文明道路。

《星际迷航：航海家号》是《星际迷航》系列剧中的第五部，其剧情发生在其《星际迷航：深空九号》之后《星际迷航：复仇女神》之前。 星历48038.5（公元2371年），联邦星舰航海家号在凯瑟琳·珍妮薇舰长的指挥下起航，她接到的第一个任务是寻找一艘在天棘区失踪的马奇游击队飞船，不料同游击队一起被名为”守护者“的外星生命体传送至银河系的另一端——德尔塔象限中。在此之间，航海家号失去了一些船员，其中包括大副、舵手、轮机长及所有的医护人员。 ”守护者“死后，为了阻止贪得无厌的外星人占据传送阵列，进攻原本处在”守护者“呵护下的奥康帕人，珍妮薇舰长下令摧毁了传送阵列…… 为了返回阿尔法象限，舰队军官们与游击队通力合作，开始七万光年、七十五年的回家旅程。马奇船的舰长查可泰成为了航海家号的大副。人类与克林贡混血儿贝拉娜·朵芮丝成为了主轮机长。杜沃克卸掉了潜藏在马奇船中的星际舰队间谍的伪装，恢复了他作为总安全官的职务。前囚犯汤姆·派瑞斯成为了舵手，而紧急医疗全息程序成为了主医官。 在第四象限，航海家号还接受了泰莱克斯人尼利克斯和他的奥康帕女朋友凯丝也作为本地的向导与厨师登舰。在第四季中，船员中还增加了一名从集合体中解放出的博格个体九之七。 对于星际联邦来说，第四象限是全然未知的领域。在回家的途中，航海家号遭遇了一系列的敌对种族，其中有盗取器官的维汀人、好战的卡松人、游牧的希罗吉恩猎手、博格人与来自液态空间的8472种族。同样，他们也遭遇了许多危险的宇宙异象

山姆（山缪的暱称）意外的旅程起源于他的时间旅行实验被某个神秘、无法辨识的高能量体所吸收，这个能量体利用他（原因不明）来避免一些普通人生命中所遭遇到的悲剧发生。山姆也遭受不规则的失忆症所苦，又称为「蜂窝乳酪」（Swiss-cheesing）或是（影集中较为技术性的名词）「磁粉探伤」（magnafluxing），这让他无法记得他自己生命中大部分的细节。他与他自己时空唯一的连结，是他朋友艾尔（Al）的全像投影（通常只有山姆看得见）。艾尔（由迪恩·史多克威尔（Dean Stockwell）饰演）是一位美国海军上将，也是这个时间旅行计画的原创人和主管。