经历第一集中的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙饰）和自己的女友化名隐身在一个偏僻遥远的海滨小镇。虽然伯恩不愿意回视过去，但“过去”却一直都在追随着他，伯恩发现秘密组织的杀手已经潜入小镇，为了保护女友玛丽·克鲁兹，他必须战斗。是一起国际政治刺杀事件让CIA重新审视已经失踪的伯恩的档案，一名某大国政要被职业杀手刺杀，刺杀者留下的证据显示他的名字叫“杰森·伯恩”，这是大卫·韦伯从前在中央情报局的化名。于是大卫·韦伯不仅仅要防备秘密组织暗地里的追杀，还要避开时刻寻找他的CIA特工。在上一集中和伯恩并肩作战的尼科莱特信任伯恩，但她发现自己也身陷困境。事态似乎变得越发失去控制，四面楚歌的“伯恩”现在只有单枪匹马地去找出那个冒充自己的人，洗刷自己和尼科莱特的清白

安德烈是一个以游乐场为基地的黑帮头目，他和啰啰们以健身、攻击犹太人和外国人为己任。讽刺的是，他后来发现自己的父亲原来是犹太人。于是他踏上寻父之路，从自己的身世学会重新认识周围的世界。