小智一行人为了观看一千年才出现七天的千年彗星，而来到了某处，正好有移动式游乐园也到了这里。在游乐园内，他们认识了魔术师巴特勒与他的助手黛安。在表演中，小胜不时听到有人在呼唤他的声音，巴特勒得知后，并告诉他们有关基拉祈的事，同时将沉眠之茧交给他们。传说当千年彗星造访地球的时候，只要有心地纯真的人当搭档，基拉祈就能从沉眠之茧中苏醒七天，之后就会再次沉睡。基拉祈具有实现人们愿望的能力，表面和善的巴特勒，背地却想利用基拉祈的力量来达成自己的野心，小智等人有办法保护基拉祈吗？在这不可思议的七天七夜里，一场冒险即将展开！

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四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在臭氧层的天空神奇宝贝—烈空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激战。战况到了最后，烈空坐原本陷入一面倒的惨况，让代欧奇希斯松懈了下来，没想到代欧奇希斯却一时大意，被烈空坐最后的破坏死光消灭，其核心沉到了海里，伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察，目睹了这一切，并带走了另一个还留在陨石内没有复活的代欧奇希斯的核心，但是小超从此变得很害怕神奇宝贝。四年后，小智等人为了挑战对战塔，造访了小超居住的高科技城市-拉鲁斯市。在阴错阳差下，小超被误当成挑战者和小智一起被送上竞技场。就在同时，代欧奇希斯又完全复活，它依据其同伴所发出的信号，来到了拉鲁斯市。烈空坐也感觉到代欧奇希斯的复活，向拉鲁斯市飞去，两只神奇宝贝的大战即将一触即发....

很久以前，在欧鲁德朗城曾经爆发一场很严重的战争，勇者亚朗于是决定借助世界初始之树及梦幻的力量来平息战争，为了不让自己的神奇宝贝-路卡利欧跟自己一起牺牲，亚朗于是并将它封印在权杖内，就这样过了好几百年......。小智一行人来到了欧鲁德朗城，在这里正举办歌诵勇者亚朗的庆典，他们换上了当地的服装，小智还在庆典举办的比赛中拿到优胜，荣获勇者亚朗的名号。在当晚，正当大家正沉醉在快乐的舞会时，梦幻却出现了，并带走了皮卡丘和喵喵。另一方面，就在舞会要结束时，亚朗权杖上的封印竟解除了，从里面出现了路卡利欧，路卡利欧对于亚朗封印自己的事十分不能谅解。这时小胜跑了过来告诉大家梦幻带走了皮卡丘。十分担心皮卡丘安危的小智等人，于是并决定在路卡利欧及探险家琪朵小姐的带领下，前往梦幻所居住的地方-世界初始之树......

正在进行修业之旅的小智、小刚、小遥和小正，在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克以及小智一行展开激烈的正邪争夺战