五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步…… 本片为同名美剧的第一部剧场版。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题…

　　布偶家族的布偶秀在前几年就停演了。后来，德州富商在布偶剧院的地下发现了石油，他计划要毁掉这个剧院，把石油给挖出来。不过他的邪恶计划却被沃尔特获悉了，于是沃尔特便联合起自己的弟弟加里和弟弟的女朋友玛丽一起，希望能够找回布偶家族的成员，在电视、广播和网络里继续演出，好筹集到1000万美元去拯救布偶剧院。为了达到这个目的，这三个人必须帮助科米蛙找回自己当年的朋友——那些布偶家族的布偶们。这些布偶的境遇都不相同：福滋熊在一家赌场的乐队里演出，这个乐队叫做Moopets（这是对布偶的英文Muppets的改写）；猪小姐成为了时尚界的风云人物；伟大的冈佐成为了贩卖下水管道的高手……面对着财大气粗的德州富商，这群布偶有机会拯救自己的剧院么？在帮助布偶挽救剧院的同时，玛丽和加里的爱情，加里和哥哥沃尔特的关系也面临着考验。