为了从父亲真澄的老朋友，并曾经协助开发JUUGA驱动器的研究员——高田唱那里得到建议，而前往其实验室进行拜访的乔治·狩崎。但是，从高田所展示的影片中，让狩崎目睹了已经从收容所那里逃脱的欧鲁特加的身影……！

　　劫机事件发生！！被主谋Azuma囚禁于禁断之地・Area 666的元太与幸实。五十岚三兄妹为了拯救爸妈，前往禁断之地。挡在三兄妹的Azuma变身成假面骑士戴蒙Daimon，判决人类的存亡。 　　与此同时，在元太与幸实面前出现的神秘科学家-外海揭开了目的，追迫五十岚一家。设下的陷阱导致最大的危机迫近时，最强一家的牵绊产生奇迹ーー！

1971年时，邪恶的修卡组织命令科学家百濑龙之介做实验，将人类改造成怪物。龙之介不愿再助纣为虐，于是修卡组织利用龙之介释放出恶魔迪亚波罗后，将其流放至宇宙，龙之介意外通过黑洞穿梭至2071年的未来世界，发现那时世界已经由恶魔迪亚波罗掌控，为了拯救世界，他使用回旋加速驱动器来到了2021年，打算与自己的儿子秀夫合作，对抗迪亚波罗。但秀夫不愿原谅抛妻弃子的父亲，局面陷入了僵持。五十岚一辉、神山飞羽真、狩崎还有各位假面骑士，纷纷挺身而出对抗邪恶势力。秀夫最终也被亲情感化，原谅了父亲龙之介，父子俩成功变身为假面骑士世纪。各位骑士穿梭于未来与现在，为了守护世界而战，迪亚波罗最终被消灭，龙之介与秀夫间也不再有隔阂。