宁静祥和的空座镇迎来金黄色的秋天，黑崎一护（森田成一 配音）和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）刚刚处理完虚作乱的事件，镇车站旁便出现成群的欠魂。它们四处游走，任何驱逐方法都失去效力。正当他们一筹莫展之时，持有斩魂刀“弥勒丸”的死神少女茜雫突然出现，并成功驱散欠魂。露琪亚对一连串的事件颇感不安，于是回到尸魂界调查。从护廷十三队的口中，一护得知现世和尸魂界中间的断界出现新的空间，并且不断膨胀，导致现世与尸魂界相通。这一切并非自然形成，似乎有人正暗中操纵着一切，而茜雫正是这起事件的关键…… 　　本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第一部剧场版。

　　一群盗贼为了寻找传说中的宝藏而去到远海的孤岛监狱，但他们却发现了被囚禁在那里的Hakaider，最后全被Hakaider杀死。失去记忆的Hakaider为了追寻身世而来到了“基督城”，基督城虽然表面上是一个和平的都市，但其实内里统治者古谢夫将有反抗意识的人改造为不反抗者，营造出一片虚假的和平。其后Hakaider在与基督城的重武装兵交战时，当地的反抗组织出手相助，战斗后Hakaider与组织成员一同返回地下基地。在基地内，Hakaider与一名叫薰的少女产生了微妙的关系…… 　　得知Hakaider出现的古谢夫命令重武装兵将它消灭，因为Hakaider为古谢夫所制造，但由于不服从命令而被囚禁，Hakaider的出现无疑会危及他的统治。在古谢夫的亲卫机器人米迦勒的带领下，重武装兵突袭反抗组织基地，薰因此而丧生。袭击后得以存活的Hakaider无比愤怒，为了打倒古谢夫，Hakaider向着基督城的元老院进发……

一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？