经常为了寻求宇宙最强的对手而在银河旅行的武者欧米伽来到了地球，为了打倒宇宙刑事夏伊达。欧米伽是一个全身都像武器一样可怕的男人，有不少宇宙刑事在他手上丧命，而且，这样的欧米伽不可能被风魔放过，马上就联手了。泽村大在巡逻中被穿着黑斗篷的欧米伽袭击，欧米伽向大挑战了一对一的认真比赛。因为过去输给卡邦、沙利班的经历，欧米伽对打倒夏伊达充满了执念。另一方面，风魔的行动队长赫斯勒也为了比欧米伽先打倒夏伊达，率领风魔军团进行作战行动。宇宙刑事夏伊达现在必须面对欧米伽，后面是风魔军团这两个强敌，这是夏伊达和银河最强的男人欧米伽的一对一的对决。

只瞄准天才儿童的儿童绑架事件连续发生，大和安妮正在进行调查，但总是抓不到线索。变成奇怪老人的不可思议的野兽穆奇姆奇绑架了孩子们。风魔对绑架的孩子们进行洗脑，并送入其他行星，执行统治全银河的计划。夏伊达和安妮能救孩子们吗？

宇宙有翼骨兽格兰达出现在了宇宙空间里。Super GUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。 几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。Super GUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士（杉本彩饰）。普罗米修斯号是靠人类的思考数据来模拟人的行为进行战斗的，为了获取数据，她希望能把Super GUTS队员的战斗经验移植给普罗米修斯号。 飞鸟信（鹤野刚士饰）作为第一个数据移植者，在移植过程中失去了意识。此时，谜一样的UFO入侵了克利欧莫斯岛。敌人击退了Super GUTS的攻击，并将普罗米修斯号改造成了电脑魔神戴斯非萨…