故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题…

这是一个惊心动魄、扣人心弦、充满艳情的小说家故事。叙述一个十分潦倒，寂寂无名的小说家渣华士在美国洛杉矶所发生而隐藏著的神秘和趣怪事件。在他的写作事业背后，一段与邻居少女燃烧得炽热的爱情事迹，鼓舞著他的写作意念，把一段段充满著恋爱而令人毛骨悚然的往事，活生生的展现出来。可惜，他无法满足爱人的要求，使她的少女情怀变成令他一生不能磨灭的烙印……

　　乔（汤姆•汉克斯 Tom Hanks 饰）和凯瑟琳（梅格•瑞安 Meg Ryan 饰）是生意上的竞争对手。凯瑟琳经营着母亲留下来的小书店，那里温馨宜人，已有40年历史，为街坊所熟知。乔却是同街一间大书店的老板，凭着自身优势，一开业就搞低折扣、服务佳的策略。凯瑟琳十分排斥他的入侵，白天二人展开斗法。不料晚上却在互联网的虚拟时间中结为挚友，不知道彼此身份的夜谈，让他们感情迅速升温。 　　虽然他们都有自己的情侣，但网络中倾心的交往令他们决定要出来见见面。然而就在此时，乔却意外知道了这个网上知己的真实身份，从此对凯瑟琳有了全新的认识，暗暗忖度该如何接近佳人……

哈里是一个才华横溢的著名作家，由于他神经兮兮、过于疯狂，他一直过着支离破碎、混乱无序的生活。他把身边的人和周围发生的事都写进自己的小说里，把自己和多名女性的感情生活也写成小说出版，由此哈里伤害和得罪了身边很多人。哈里的真实生活与小说中的虚构情节不断交织，同时哈里发现自己的灵感开始枯竭。在哈里的生活过得一团糟的时候，他被母校邀请回校接受名誉学位，但他找不到一个可以陪他一起去的伴儿。他只好找了个妓女陪同，第二天朋友理查德也来陪他，路上他还从前妻手中拐来自己的儿子一同前去。四人在途中又遇到了什么，到达目的地之后又有什么状况？ 哈里试图解构自己的现实生活、解构自己小说中的虚构人物的生活、解构小说人物在自己生活中起到的影响，这个不能正常运作自己的生活，却只能在艺术中发挥才能的天才作家，究竟能不能解构出自己人生中的“真相”……