《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

科学探险家西蒙（马克·哈米尔 Mark Hamill 配音）秘密研究出一种能瞬间到达宇宙任何地方的时空隧道——魔比斯环，然而，在进入魔比斯环探险后，西蒙失踪了。

　　公元2065年，地球上充满了毁灭和混乱，城市荒芜，人口被大批残杀，整个世界造到外星生命的重创，他们通过独特的方式侵袭地球上的一切生命，少数生存下来的地球人开始反抗这些外星敌人。被毁灭的梦魇时刻缠绕着的天才女科学家罗丝是这场战争中拯救世界的关键人物，但她的计划要冒极大的危险，另一边掌握着高科技军队大权的将军也有一套自己的计划去打击外星敌人，但这个计划同样要对大自然造成更大的伤害，除非罗丝能成功……

"故事发生在罗马帝国崛起的时期，彼时，大西洋沿岸已经尽数被强悍的罗马军队占领，只剩下一个小小的高卢村庄还在顽强的抵抗着侵略。阿斯克（何热·卡尔 Roger Carel 配音）和欧贝里克斯（Jacques Frantz 配音）是居住在此的两个名不见经传的小人物，而他们即将要完成一个伟大的任务，那就是拯救被敌方绑架的古巨立克斯（洛兰特·道驰 Lorànt Deutsch 配音）。 古巨立克斯虽然身为高卢首领的侄子，却是个胆小懦弱至极的人，然而，在古老的传说中，这样的人将会被赋予飞行的能力，这也就意味着，古巨立克斯成为了拯救村庄和村民们的唯一希望。在此过程中，古巨立克斯结识了美丽温柔的艾巴（莎拉·弗里斯蒂 Sara Forestier 配音），坠入了爱河。"