在世代交换之时，据说会有一个造成世间动乱的“霸者之首”。这个东西从秦代以来流传下来，并且让想要争夺霸权的人们不停争斗着。 时间来到了动乱的幕末。位于正在吹起异国风潮的横滨之地，出现一个剑士。他的名字叫作秋月耀次郎。手上握有灵剑“月泪刀”，也是以封印霸者之首为使命而被叫作“永远的刺客”的人。过去他曾担任坂本龙马的保镖，但对于未能拯救他而感到深深懊悔的秋月，为了治愈心伤而一个人寻找在幕末苏醒的“霸者之首”。 他在一场争斗中因为救了一对孩子，而和以“报仇”为目的而到处旅行的剧团一座相遇。一座的仇敌－中居屋重兵卫正握有“霸者之首”。于是为了找到首级的耀次郎和剧团们因此卷入了阴谋的漩涡之中。

少女佑希受某种力量影响，自少由勇者甘帕图养大，使她虽然已经是17岁， 不过仍然保留着10岁般的样子。在一次偶然机会之下，佑希藉管家丘比的魔法协助，进入了皇宫， 并找到了永恒之冠。这时爱伦寿女王出现，令佑希明白自己未够资格拥有永恒之冠，并告诉佑希她就是一千年才出现一个的白金公主候选人，并安排她进入她所开设的公主学堂，跟另外四位白金公主候选人一起学习成为公主。

天川博士和孙女小莉住在森林里发现了落难的仙子星王子巧比，便好心收留了他。巧比与祖孙二人和森林中的动物们安宁的生活着，同时巧比也在为寻找母亲而和坏人们战斗。

故事讲述了日本还在江户时代时的1792年，杀死了做恶的贪官上司，并在逃亡途中无意间杀死了前来追捕自己的妹夫，虽然万次想放下屠刀却不断被人追杀，还毁掉了妹妹的一生。 却由于被八百比丘尼埋进了血仙虫而拥有不死之身的剑士万次，为了解开血仙虫造成的不死之咒语，发誓杀一千个恶人来赎百人斩的罪。遇到身负血仇的孤女凛后，他决定帮助其报仇。 一路遭遇凛的仇人「逸刀流」、旨在剿灭逸刀流的幕府密探「无骸流」以及其他种种势力或个人。在无法界定对错的凛的复仇之旅中，万次打败了一个个强悍的对手——也许对他来说，千人斩的实现仅仅是时间的问题。 可是，剑客都是双手沾满鲜血的人，谁为善心，谁又为恶人，万次有鉴定的资格和能力吗？杀人，就是一种罪，杀恶人也是杀人，这世上真的有可以籍着杀人赎清的罪孽吗？每个人都只是为着自己的理由挥剑而已。 对于万次，在过去无可挽回的悔恨中许下了杀千人的悲愿，也许却只不过是继续挥刀活下去的理由，继续杀人的理由…… 也许，这不算是乱世——没有战国的烽火，没有维新的狂岚，德川幕府正安然的统治着一切，居高临下的睥睨着剑客之间的争斗，一步步的算计着可以驱使的力量。看起来，一切似乎都在某种控制之中。 德川幕府时代，江户城内有位背负着百条人命的杀手——万次。他拥有无限的生命、杀不死的身体，万次为了赎罪立誓要斩千个恶人。一个十六岁的少女——凛，她为了报血海深仇，找上万次当她的保镖去消灭「逸刀流」。 将万次囚禁在地牢内的番头，吐钩群的真正目的居然是想用医学的方法取得不死之身。 认定“只有胜利才是剑之王道”的逸刀流统主天津影久，残忍地杀害了少女凛的父母。凛和在身体里埋入血仙虫成为不死之身的百人斩男人万次卍一起，踏上了复仇的旅程……

从帕鲁塔星作为间谍来到地球的博路特博士，由于和澄子相恋，背叛了故乡，和澄子一起被帕鲁塔星人带走了。他们的两个孩子以父亲制作的6台机器人组成了彩虹战队，为了保卫地球而战斗。