小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。

小智一行人在旅行途中突然遇到“梦幻神奇宝贝”-波尔凯尼恩从天而降，其落下的冲撃让小智与波尔凯尼恩被奇妙的装置联系在一起，被波尔凯尼恩给牵着走的小智等人来到了有巨大齿轮的都市阿佐特王国… 拥有不停转动的巨大齿轮的超级机关城市——阿佐特王国的大臣贾维斯，得到了他长年所追寻的终极发明。那就是500年前诞生于阿佐特王国的人造神奇宝贝——玛机雅娜，以及据说寄存在玛机雅娜体内，被称为“魂心”的未知力量。 究竟被绑在一起的小智和波尔凯尼恩，能不能合力救出玛机雅娜呢？然而，隐藏于“魂心”中的真正力量又是什么？神奇宝贝史上最火热的对战即将开始!

为了追踪叛忍百足，五代目火影网手命令大和率领小樱、漩涡鸣人、佐井等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，很久以前被第四代火影封印。而百足的目标则是解开封印，释放恐怖的力量。经过千钧一发的搏斗，鸣人变成孤身一人，他意外来到一座繁华的失落城市，在此遭到了傀儡部队的袭击，并得到神秘木叶忍者的救助。之后鸣人邂逅楼兰女王萨拉，而围绕这个美丽的女子，邪恶的阴谋正悄悄展开。时空错乱，旧日的影像浮现……

本片根据高田崇史的同名原著改编。内向老实的高中生天童纯（小野贤章 配音）自幼生长在美丽舒适的京都，某天他突然遭到一个恶鬼的袭击，仓皇之中跑入一座古寺，得到了僧人源云（中村狮童 配音）的救助。俄而竟被源云带到了久远的平安时代。原来平安时代恶鬼横行，与人类展开了连番的战争。为了消灭饿鬼，源云穿越时空带来了被称作救世主的天童。在最新的战斗中，天童为救助伙伴无意中唤醒了号称能摧毁恶鬼们的八岐大蛇。偶然的机会，他和大蛇救下了被贵族追杀的恶鬼水叶，由此发现了恶鬼的真面目，而他作为救世主的信念也遭到了动摇……

钥圈儿出现在皮卡丘和伙伴们面前，将它插进飘浮在空中的神秘钥匙孔，就出现了奇幻王国。钥圈儿似乎拥有通往各个不同世界的钥匙，不知道皮卡丘的钥匙会带领大家前往哪个世界呢？

在这个世界上有一个神秘的镜子反射般的世界。在那里没有所谓的美丽，是骑拉帝纳栖息之处。可是因为帝牙卢卡与帕路奇犽的战斗，时空开始扭曲，反转世界被称为黑色瘴毒的云层给覆盖。看到自己的栖身之所被玷污而震怒的骑拉帝纳，找到了罪魁祸首帝牙卢卡，并打算将其带入反转世界。另一方面，在小智等人跟前出现了样子迷你可爱的神奇宝贝，那是被称为感谢神奇宝贝的洁咪。为了帮助洁咪前往葛拉西蒂亚花花田，以进行被称为“花之传递”的集体迁移，小智一行人和洁咪展开了短暂的冒险旅程。

位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香 配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找传说中的精灵哲尔尼亚斯（三田佳子 配音）。因为拥有制造钻石的能力，蒂安希在路上遭到了女贼玛丽莲（足立梨花 配音）、忍者盗贼莱欧特（山寺宏一 配音）以及火箭队三人组的刁难，关键时刻多亏小智（松本梨香 配音）出手相助才让她化险为夷。在此之后，公主和小智他们一路同行，几经辗转终于来到了哲尔尼亚斯所在的森林。但是，与这个具有赋予生命能力的传奇精灵并列的，还有一个能够带来死亡的可怕精灵。