哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造成为"Super X2"，此时哥斯拉在三原山里居然又开始活动，使得日本关东地区地震不断，并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物死亡，于是白神博士便加入ANB计划，同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物结合制造了不死植物碧奥兰蒂，但是在一次的事件当中碧奥兰蒂被释放出来并且在芦之湖巨大化。此时三原山爆炸，哥斯拉再度出现，自卫队无法阻挡哥斯拉 往东京方向移动，后来出动了"Super X2"使哥斯拉改变移动方向，但是在哥斯拉不间断的攻击之下"Super X2也败下阵来，但是没有想到哥斯拉此时却朝着碧奥兰蒂的所在地移动.....

　　20岁的三田静香（药师丸博子 饰）是一名热爱表演的纯真女孩，她经常到公园的无人露天剧场练习演技。为了参演剧团的新戏《W的悲剧》，静香参加了主角的选拔考试，最终同期学员菊地香（高木美保 饰）获得出演主角摩子的机会，而静香只获得了只有一句台词的女佣这个角色。 　　《W的悲剧》巡演大获好评，却在大阪遭遇危机。剧团当家花旦羽鸟翔（三田佳子 饰）的恩客堂原（仲谷升 饰）病发，死在羽鸟的房中。为遮掩丑闻，羽鸟以摩子这个角色作交换，要求静香在媒体面前承认自己和堂原的不伦关系。为了梦寐以求的角色，静香接受了羽鸟的请求……

窗外掠过巨大的美军飞机的轰鸣声。这里是东京都下，与基地相连的城镇，福生。在太阳已经很高的下午，19岁的龙不声不响地起床了。昨晚晚会上的男女都睡得死去活来，但是龙却毫不在意地离开了公寓。晃里晃荡地在街上走着的龙，遇到了送来厨房打工的钱的yoshiyama。将有点油腻的意大利面塞进胃里，yoshiyama不停地说着。指女、仲间、海洛因、将疑似毒品打到血管中而死亡的男子……。龙的一天就这样开始了。明天和第二天都是一样的吧。在这样的龙的空虚的每一天里，有人能感受到存在感。莉莉，是已经过了30岁的有孩子，在外国人酒吧街有店的ヤク的惯习者。只有在和莉莉见面的时候，龙才能学会与人接触，回到十九岁的少年。莉莉取周经常在一起床，莉莉除了龙以外还有几个情夫。龙对莉莉说：“不玩广东人怎么样？”不要和别的男人睡觉，如果是钱的话我会想办法的——”她只是对这种孩子气的台词笑了。那天晚上，刘翔和莉莉也去了危险的“Mescarin Drive”。两人一边沉醉于强烈的摇滚和药品，一边快速地在深夜的街道上奔跑。两人迷失在番茄地里，在像灯饰一样闪闪发光的红番茄之间徘徊。然后，流寻求着莉莉的温暖。被下起的雨淋得湿透了，龙对莉莉说：“告诉我你喜欢我，我需要你……”。对于拖拽、女人、酒的虚无每天都无法满足的龙，突然无法停止每天的重复。但是，在盛夏炎热的某一天，同伴突然死去。然后，以死为契机，龙决定从每天的反复中逃脱……

　　1999年，长峰博士在赤道附近发现了加欧斯的变异种，同时候在日本西南方的海中发现了加美拉的墓场。 　　时间回到1995年的东京，因为加欧斯来袭，比良坂绫奈一家人准备离开东京，此时加美拉受到加欧斯的攻击而落下，在加美拉起身时破坏了绫奈的家，而绫奈的父母来不及逃出。目睹父母身亡的绫奈，从此开始憎恨加美拉.... 　　时间再拉回到1999年，居住在乡下亲戚家的绫奈饱受同学的欺负，有一天绫奈被同学叫到供奉一个东西叫做"柳星张"的神社，同学要绫奈将里面的东西给搬出来，此时世世代代守护着柳星张的守部家成员守部美雪见到此状，于是偷偷的去告知自己的哥哥龙成，龙成便到神社将绫奈的同学赶走，此时绫奈把东西搬出来，龙成便要求绫奈把东西给搬回去，但是在绫奈搬走东西的原处，两人发现了一个奇怪的东西，两人见状便吓得逃走，到了晚上，那个东西出现了变化，里面出现了一个东西... 　　而在此同时，加欧斯出现在东京涩谷上空，没多久之后一阵爆炸声，加欧斯被击中，并且坠落在涩谷车站，此时加美拉从空中降落....

在古代的北海道原本是一遍荒地只有一座监狱里关着一些无期徒刑和即将处死的犯人。监狱长是个行事蛮横又残暴的人，他利用犯人的妻子为了见丈夫一面来赚取不义之财。古代的北海道是一处偏僻又未开发的地方但它却是经商人的必经之路。所以监狱长就利用天时地利开了一家妓院来满足男人的需要，但却也招来了杀生之祸。

江戶時代某町，一下級武士不滿上級食言，遂揮刀砍死長官，引起一片混亂。事後，中年武士中村主水（藤田まこと 飾）成為代罪羔羊，遭到降職減薪處罰。 不久，年輕俊美的長官奧田右京亮（真田広之 飾）走馬上任。與此同時，一群落魄浪人組成的團夥對當地百姓居住地進行大肆騷擾，混亂之中，一老者不幸身亡。偶然閒蕩於此的主水事感蹊蹺，暗中展開調查。而老者的女兒為給父親報仇，不惜出賣身體賺錢聘請能殺掉浪人的勇者。在此期間，主水結識了帶著兩個孩子的浪人文七（千葉真一 飾）。兩人不打不相識，主水拜託文七調查右京亮的出身，結果發現這個新任長官和浪人集團有著千絲萬縷的聯繫。背後的陰謀由此漸漸浮出水面…

高岛礼子主演的“极道之妻”新系列第2部作品。组长泰次的妻子久仁子代替正在服刑的丈夫主持了小组。但是，校长突然去世，年轻的助理半泽超越泰次袭击了新校长。久仁子打算反击，但狱中的泰次被杀害了。