横滨摩天大楼发生爆炸，喜多见幸太（铃木亮平 饰）率领救命医疗团队「TOKYO MER」出动。喜多见认为要尽快前往现场救援，然而厚生劳动大臣新成立的精英团队「YOKOHAMA MER」的主任医生鸭居友（杏 饰）则持反对意见，认为应留在安全地方等待，否则原本能拯救的人也拯救不到，两人因为理念不同引起冲突。另一边厢，有193人被困在70层的摩天大楼里，当中还有喜多见怀孕中的妻子千晶（仲里依纱 饰）…

　　小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。 　　在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”