上一部结尾，尼奥终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂，舰长墨菲斯回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

数年前，对灵异事件甚为着迷的青年西斯（Chris Jamba 饰）和四名好友进入一幢传说闹鬼的房子内，他们不慎释放了被封印在房子中恶魔贝里尔。次日清晨，这5个年轻人全部离奇自杀身亡。

第二集中，尼奥没有能从摧毁内部“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯和崔妮蒂等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双发谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

从很小的时候起，妹妹就被父母抛弃成为了孤儿，幸运的是，远在澳大利亚，有一个名叫兰德尔的绅士出手相助，妹妹才能在孤儿院过上衣食无忧的生活。妹妹从未见过她的救命恩人，她对兰德尔的所有了解都局限于后者寄给她的各种各样漂亮的卡片之中，在妹妹的印象里，兰德尔住在一幢大房子里，家庭幸福，富有又善良。 一次意外的机会中，妹妹所在的孤儿院来到澳大利亚参加一个活动，妹妹偷偷的离开了队伍，独自踏上了寻找兰德尔的旅途。没想到，现实犹如一盆冷水浇在了妹妹的头上，兰德尔并不富有，甚至都失去了自由。兰德尔的落魄并没有改变妹妹对他的尊重，随着时间的流逝，一种类似于亲情的感情在两人之间产生了。