早在八百年前，人类的欲望催生出21枚核心硬币。凡是得到硬币的人，必将获得巨大的力量。2011年6月，德国图林根州，鸿上基金会的会长鸿上光生（宇梶刚士 饰）率领探险队深入图林根州某森林的腹地，经过不断地勘测和挖掘，终于找到了核心硬币的埋藏点，却无意间解开了尘封数百年的封印，而且也使森林和东京的新宿发生对调。伴随着巨大的变动，无数中世纪士兵从山洞中走出，展开残酷的杀戮。偶然路过附近的火野映司（渡部秀 饰）与泉信吾（三浦凉介 饰）卷入混乱，与武士们展开战斗。在武士的身后，是有着强大能力的炼金师盖拉（酒井美纪 饰），她复活后发誓成为成为新世界的主宰——奥兹（OOO）。 　　混乱中，所有的人都被卷入德川八代将军吉宗（松平健 饰）所在的江户时代……

宇宙世纪（U.C.）0068年，慕佐自治共和国的吉恩‧兹姆‧戴肯在发表独立演讲时猝死于众人面前，引发风潮。受困于此的戴肯家兄妹在经历一系列变故后自宇宙都市逃往地球。

宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉恩‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，改名为爱德华·玛斯与塞拉·玛斯，开始过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔爪，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉恩自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。

宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉恩军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。扎比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的塞拉‧玛斯、成为吉恩军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE 7 平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。 随后，被仇恨驱使成为吉恩军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的“鲁姆会战”即将展开。

故事发生在宇宙世纪 0079 年 1 月 23 日，吉恩与地球联邦间一决雌雄的战争，终于在 SIDE 5 鲁姆爆发。在战争中被逼入绝境的吉恩，手中握有秘密武器。就是用人型兵器“MS”所组成的特别突击大队，让战况一举逆转并大获全胜。 当中，隶属吉恩军的夏亚・阿兹那布尔，驾驶着“扎古Ⅱ”立下战积并因此晋升为少校，更获得“红色彗星”的别名。而在鲁姆会战后，地球联邦军策画了对抗吉恩军的＂V 作战＂。远在 SIDE 7 的少年阿姆罗・雷，自行动身去找寻新兵器“敢达”的秘密。另一方面，在地球的南极大陆，吉恩及地球联邦两军间和平谈判的场合，某项声明却从月神二号向全世界发出……。