这里是故事的原点（zero）—— 为了获得圣杯能实现奇迹的法力，七个魔术士召唤出七人的英灵，展开了一场直到剩下最后一个人为止的终极战争----圣杯战争。 之前三次没有结果的战役不足以让这场战争结束，第四场战役如今有如弦上之箭，一触即发。 寄托着必胜的信念，魔术师们来到了被称作“冬木”的战场。但是在他们当中有一个人却不知道自己是为何而战。他叫——言峰绮礼。 命运的引导让绮礼逐渐失去了自己的判断力，他不明白为什么自己会被授予令咒。但是，命运很快地安排他遇到了一个命中注定的宿敌——卫宫切嗣。 这个男人想要得到圣杯的欲望比任何人都要强烈，使用的手段也是最残忍的。 在《Fate/stay night》中仅略有提到过的，十年前发生的“第四次圣杯战争”的真相。士郎的养父，凛的父亲，以及年轻气盛的言峰绮礼是如何参与这场战争的，真相即将浮出水面。

南春香（佐藤利奈 配音）是一个外表出色个性优秀的完美学生。在学校里，性格开朗温和的她是许多人爱慕的对象，饱坂（小野大辅 配音）就是其中的一员。学校里流传着许多和春香有关的传说，她更是以“第一代首领”的名号著称。在妹妹南夏奈（井上麻里奈 配音）和南千秋（茅原实里 配音）的眼中，春香是一个母亲般的存在。 夏奈是个四肢发达的运动型少女，个性活泼又有些迷糊的她是大家的开心果。可是在千秋眼中，夏奈是个十足的笨蛋，但这也恰恰是千秋表达爱意的特殊方式——毒舌。虽然外表冷漠行事老成，但千秋也有着意外细腻和幼稚的一面。南家的三个姐妹，各有各的特色，但三个人都是那么的善良和可爱，在小小的城市中，她们正展开着轻松又快乐的日常生活。

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不久的未来，青少年之间开始盛行着弹珠人竞技，然而在弹珠人竞技界中有出现如此的风声：“传说有个只有被选上的稀有弹珠人参赛者才能参加的『秘密弹珠人大赛』”。在此同时，其中一位刚接触弹珠人的玩家龙崎翔，伴随着他手上的弹珠人“神威苍龙”，想借由在这场死斗中一路过关斩将，揭露其中“秘密竞赛”的真面目......