克罗诺斯星是颗居住着机械生命的和平星球。然而，宇宙邪恶军团甘多拉的首领加迪斯为了找到克罗诺斯星上传说中能让人拥有无限生命的高等生命能源而向克罗诺斯星发起了侵略。克罗诺斯族族长、唯一知道高等生命能源秘密的基莱·斯多鲁在与甘多拉军团的战斗中战死。基莱的儿子、罗姆·斯多鲁从亡父手中接过了克罗诺斯族的圣剑剑狼，能够召唤并合体成最强的战士剑龙和拜坎夫。

人类与杰特拉帝人在第一次星间战争之后握手言和。2038年从地球派出第37次超长距离宇宙移民船团－新Macross级超大型船团7号（NMCV-007）前往太空深处寻找适合人类生活的星球，直到2045年遇见神秘的原始恶魔军团……（袭击超时空要塞七号的是被普罗多恶魔洗脑操控的2043年巴洛塔调查部队）。 ‘普罗多’族为宇宙第一个拥有文化的种族，在文明高度发展过程中分裂为二大势力，双方在向宇宙扩张势力版图时爆发冲突，双方都同时发展出巨型生物兵器‘杰特拉帝’（女性称：‘美特兰蒂’）以遂行战斗，在战争蔓延扩大到整个宇宙时的战争末期，‘普罗多’族为克制敌方的‘杰特拉帝’而制造出七具战斗生物兵器：‘艾比尔’（日语：エビル，英语：Ebiru），但是在尚未启动前即被来自异次元的纯精神能量生命体スピリチア(su-pi-ri-chia)占据操纵，大约在地球纪年前50万年，‘普罗多’几近覆灭才将其封印于一颗冰封的先进科学行星(后来人类所发现的巴洛塔3198XE星系第4行星)。 2043年巴洛塔（日语：バロータ，英语：Baroita）3198XE星系第4行星特别调查部队，在调查当地的‘普罗多’（Proto）遗迹时意外使附身在‘艾比尔’身上的‘普罗多恶魔’（Protodevilns）觉醒，并将巴洛塔调查部队洗脑为己所用。 超时空要塞五号船团降落殖民‘拉克斯’行星后，也遭到普罗多恶魔和巴洛塔军袭击及洗脑。 本作叙述热气·巴萨拉（Basara Nekki、熱気バサラ），米莲·吉纳斯（Mylene Flare Jenius、ミレーヌ・F・ジーナス），雷伊·拉布洛克（Ray Lovelock），比希达·费斯（Veffidas Feaze、ビヒーダ・フィーズ）等人以摇滚团体Fire Bomber在MACROSS 7活动的故事。

不动珍是一名年轻的职业模特，自从遇见一位自称为阿斯卡兰的神秘女子后，平静的生活被打乱。原来兰隶属于一个跨政府的组织：人类同盟，珍在兰的实验室内面对怪物时变身为兽人！一系列突如其来的打击令珍几乎崩溃。 世界各国都陆续发现妖兽，其中有不少失去了人性而成为纯粹的野兽，给社会带来危害，但由于各国政府的掩盖，这些事件都不为大众所知；同时兰告诉珍：她的存在是特殊的！因为她是恶魔人：具有惊人力量、邪恶的心、却保留着人类脆弱感情的生物；她的存在就是为了消灭这些妖兽。 珍的唯一好友泷浦和美一直把珍当做是自己的亲人，双亲被敌视珍的妖兽杀害后，她与珍更加亲密。在与妖兽不断的杀戮中，珍越来越迷惑自身的存在。而兰却渐渐显露出她的目的：原来她也有兽性基因，为达到目的她不断的利用善良的珍。珍虽然察觉到这些，但是自己的内心却无法抗拒兰的每项要求（命令）。 妖兽的变身需要突变的兽性基因，虽然普通人可借用憎恨、欲望而妖兽化，但是与妖兽的接触同样会引发普通人的基因突变，日本国内的妖兽由此越来越多，当局已经无法再掩盖事实。此时由兰所提议的一项计划得到实施：给全体国民注射防止兽化的疫苗！同时把那些有兽化征兆的人关进集中营。可谁又知道，这是兰的一个阴谋：所谓的疫苗只会加速基因的突变！疫苗导致国民的不断兽化，日本政府机构的职能几乎完全瘫痪。美军进驻了日本，而兰也进化成大天使，以一副带给世人幸福安详的姿态出现在天空。 失去了和美的珍清楚的知道，建立在无数鲜血上的天使是多么的虚伪，为了亲人与那些被屠杀迫害的兽人们，一场恶魔与天使的决战终于爆发……

在遥远的时间尽头，世界受到大规模污染之后，大地被新的主宰污染兽所占领，将人类逼至濒临灭绝的窘境。幸存的人类在远古炼金术师遗留下的自律型移动都市中生活。这些移动都市各自拥有自己独立意识及专门的作用，有专属交通的都市也有专属教育类的学院都市。 赌上各自都市的存亡，都市与都市之间为了珍贵的却不可缺少的矿藏超锡矿山而进行战争。还有能够覆盖天地的巨大怪物“污染兽”群。少年少女们为了保护自己的都市，使用超能力“刭”不断进行战斗。 故事就发生于无数都市中的其中一个学院都市洁尔尼，在新生入学仪式上，由两个敌对都市的学生引发的骚乱险些造成坍塌事故(其实是学生会会长安排来试探雷冯的）；在混乱之中，来自于枪壳都市古莲丹的普通教育系新生雷冯救下了一名少女。由此，被学生会长以学费全免为条件由一般教育系转入了武技系，并被招入了刚成立不久的都市护卫第十七小队中。 不过这个“第十七小队”却是个不得了的“堕落部队”。率领整个小队的队长妮娜不顾周围的人和状况一昧向前猛冲，沉默的少女菲丽、没有干劲的男人夏尼德、被这些超有个性的“第十七小队”包围着，雷冯开始了全新的学园生活。 然而，除了学生会长以外，并没有人知道这位来自钢壳都市古莲丹的少年有着怎样的过去，他那曾经背负的作为武者的最高荣誉以及污名……

白滨兼一是个善良的高中一年级生，但总受到许多不合理的欺负。在偶然的情况下，他与转学生风林寺美羽成了好朋友。之后受到美羽的吸引之下，兼一到了名为“梁山泊”的道场修行武术。 经过一连串非人道的修行，兼一的武术造诣上升非凡，却也因此被不良组织“诸神黄昏”盯上，被逼迫要与“诸神黄昏”所派遣的刺客武术家决斗，在瓦解了诸神黄昏之后。“黑暗”为了要和梁山泊争夺“史上最强”这个称号，兼一又必须和“黑暗”的弟子群“YOMI”进行决斗。

当邪恶的多梅克出现时，Cosplay城处于危险之中。他指挥着他的怪兽军队，计划摧毁一切。只有一个人能阻止这一切，可爱甜心。在她从休眠中被释放后，哈尼·Kisaragi变成了多变形机器人可爱的哈尼。然而，当霍妮面对一个过去的老敌人:豹佐拉时，最不可能的事情发生了。