明治11年，剑心与好友到横滨观光，遇见多名外国水兵调戏一名少女，剑心当场教训了恶徒，出手相助的还有一个剑客，时雨泷魅。剑心和时雨英雄相惜，当即引为知交。然而两人都不知对方的身份背景：时雨曾经是佐幕派彰义队的领袖之一；而他当年的同僚兼好友“鬼斩”高槻严达，正是死在剑心的刀下。剑心的横滨之行还碰上一场骚乱：一群反明治政府的叛乱分子袭击英国使馆，陆军指挥官田母野锐敏领兵前来镇压，但叛乱分子。后来，剑心得知被救的少女名叫高槻朱鹭，这让剑心想起了高槻严达，开始觉得事有跷蹊。明治政府的日益西化引起民众不满，时雨纠集了这些志士势力。趁英国国宾到访之机，他带兵集结东京，准备在盛大游行的进行期间行刺国宾，再发动“新?维新”推翻明治政府，以慰严达在天之灵。然而，这一切正中了田母野的下怀，在时雨身边的叛徒加治木贞史郎的协助下，田母野打算用一石二鸟之计：将叛军先纵后擒，再趁乱局夺取陆军的支配权。剑心从朱鹭和弥彦那里得知时雨的全盘计划，遂立即赶去制止。时雨在迎宾馆发动袭击，双方伤亡惨重。千钧一发之际，剑心将国宾救下，而时雨也发现剑心就是杀害严达的凶手，新仇旧恨交加，两人大打出手。无奈政府军渐占上风，时雨最后不得不带着余党败逃。剑心征得陆军统帅的同意，独自前去与叛军谈判。经过激烈的决斗，在手持逆刃刀的剑心的引导之下，时雨终于明白了严达的遗志，答应投降并安心照顾朱鹭。岂料，阴谋家田母野无耻地粉碎了这个美好的结局，他擅自下令枪决在场连剑心在内的所有人。时雨为了保护朱鹭而被乱枪打死，怒不可遏的剑心将田母野狠狠打倒，而潜逃的叛徒加治木，在半路上被贯彻“恶即斩”的斋藤一拦截，得到了应有的报应

在破晓起义(宇宙世纪0077年)事件发生之后，夏亚引咎退出军校并旅行到地球，遇到一个具有神秘力量的女孩 ─ 拉拉。 推动RX-78开发项目，阿姆罗·雷的父亲 ─ 提姆·雷引导米诺夫斯基博士的背叛，以此为导火线，在宇宙世纪0078年，历史上第一场在月球表面的机动战士对战以悬殊的比数12:0，吉恩大败地球联邦。同年10月24日吉恩共和国发表从联邦独立出来的宣言并改制为吉恩公国，并在宇宙世纪0079年1月3日正式向地球联邦宣战，开始一连串的袭击，动荡的时代开始，硝烟弥漫、烽火四起……。