随着未来科技的飞速发展，人类在2301年将一颗蛮荒行星火星改造成为美丽的“水星”，并命名为“AQUA”。那里最著名的观光都市“新威尼斯”有着一群心怀梦想的少女，被称为“领航员”的她们每天以小船载着游客领略城市的美景。15岁的水无灯里从高度电子机械化的地球只身来到“新威尼斯”，在一所名为“ARIA”的小领航员公司找到了工作，就此开始了她的领航员生涯。

平安篇 平安时代中期。饥荒和疫病蔓延，平安京日趋荒废著。武士和阴阳师为了争权而争战不休，百姓们流离失所，无法安心生活。 看不下去如此状况的朝廷，将希望寄托于名弓手大将源赖光，去寻找有着不可思议力量的勾玉来拯救百姓。可是赖光因病倒下了，于是源家的女儿，赖光的妹妹光，女扮男装为哥哥取回勾玉。与赖光家臣渡边纲一起展开旅程，为了拿回勾玉，两人来到常陆国，并遇到名将碓井贞光，旅途中光还和宫中申乐师万岁乐(另一身份为安倍晴明)有一段淡淡的情感。但是原来一切都是权臣的计谋，勾玉不但挽救不了京城，反而会导致京城全毁，知道内情后，光选择自我牺牲毁坏勾玉，使其不能聚集。 东京篇 公元2004年，东京。 一个17岁的高中平凡女学生光，几年前因父母过世，成为自家公寓“源庄”的房东。半工半读的她，不时要面对房客赊账，与房客自由作家纲、皮条客贞光和他所带的小孩金太郎、奇特的美女占卜师卜部生活在同一个屋檐下。一年前，光的哥哥赖光离奇失踪，在某个下午，光在东京的街上看见疑似哥哥的身影，但是除了她之外，其他的人好像都没有发现他...越来越多奇怪的事情发生在她的身边。前世的因缘将要再度交织在此，勾玉的秘密将再度重见天日...

故事描述吸血鬼貴族中的貴族「萊」，在沉睡了 820 年之後再度甦醒，在執事弗蘭克斯坦的協助下，以高中生身份重新開始了嶄新的生活。但是他平凡的高中生生活卻因為謎一般的組織攻擊而逐漸改變……。

在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但希望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。 第一季为主角和女主角们之间所发生的事件，第二季After story为主角在中学毕业之后，与渚共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，《CLANNAD》就是由这三个要素所组成的故事。

少女“乃绘”因幼年的精神创伤而变得不会流泪，即使上了高中后这点还是依然如故…… 某天，乃绘在高校饲养的小动物不知道被谁残忍的杀害了。也就在那时，她结识了志愿成为绘本作家的仲上真一郎。在与真一郎的交往中，乃绘的心扉逐渐敞开，她的精神创伤能逐渐愈合吗……

舞台是充满兽耳、兽尾、有翼族的古装、异族、战国时代，据说在服饰、固有名词等方面参考了现在生活在北海道中北部的阿伊努民族。剧情以受伤倒在路边的面罩男哈库奥罗接受素未谋面的兽耳少女艾露露的治疗为起点，经历了哈库奥罗领导人民起义反抗暴政、领导卫国斗争、解放他国受压迫民众的战争到保卫全世界大致四个阶段。大陆的历史以及哈库奥罗究竟是谁、这些异民族又是如何产生等问题在战争的扩大化中逐步得到解决。

公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。 

中学2年纪学生奈绪是只有两个人的摄影部的部长，不知为什么她拍的照片都的天空和云。 　　一天，她在平时一直拍照的学校屋顶上看见了在天空飞的猫。惊讶的奈绪不慎失足从天台上跌了下来…… 　　故事是以奈绪的日常为中心，描写了这个年龄段的中学生的各种烦恼和问题等。话是这么说，中学生的烦恼不过就是和朋友吵架啦，最近成绩的起伏啦什么的。在大人眼力也许根本算不了什么大问题。但是亲自动手监修的押井却说：“这对中学生的当事人来说已经是十分严重的了。我打算以不同于我们大人的眼光来描绘这种落差。同样，操纵风的能力也许只是能让自己的身体稍微从地面浮起来的程度。就算拥有这么点能力，奈绪的烦恼还是继续存在着。我想一定有人会问：“这到底能派上什么用处呢？”其实，这才是《风人物语》之中押井的目的。”