艾利欧从英国回来看望小樱，斯比也跟随而来。很久没见面的小可请不能吃甜食的斯比吃章鱼烧。斯比很喜欢章鱼烧，但是两人却为最后一个章鱼烧大打出手，结果章鱼烧飞出窗外，一场有趣的章鱼烧争夺赛便展开了。

自阿尔法兽出现后，东京御台场的修复工作一点点进行。 为了欢迎新加入的伙伴望月芽心，让她感受到伙伴的羁绊，回到东京的美美邀请伙伴们与数码兽们前去温泉主题公园洗浴。但是，面对即将来临的考试，城户丈缺席了这场聚会。 正在这时，受感染的数码兽奥加兽出现在御台场，在看到电视直播的奥加兽破坏情况后，芽心和缅因猫兽决定采取行动，她们将像人类展示数码兽的友善。但是，她们忽视了带回她们的意图，然而，出乎意料的结果就这样出现了。 阿丈和美美都正面对着自己的烦恼，在高中节日这天，一个男人出现在他们面前······ 现在，冒险再一次进化。

缅因猫兽突然发生变异，杀害狮子兽，使得太一等人产生动摇。 “缅因猫兽”的感染，使得光子郎想寻找到原因。感染有什么征兆？是在什么时候呢？有什么对策吗？为了这一切的答案，光子郎努力的工作着。 望月芽心想要急切地知道原因，但是也没有什么有效的办法。芽心内心急切地希望缅因猫兽能够想起她，她相信追究缅因猫兽感染的原因是有必要的。但是谁也回答不了芽心的疑问。 为了防止其它数码宝贝感染，光子郎关上了自己办公室唯一的大门；但在其它地方，感染的迹象开始显现。同时，亚古兽们通过小光的声音把这个重大的秘密告诉了数码宝贝世界。 时间······，渐渐临近···· 在缅因猫兽战斗时，一个点到来 太一他们愤慨秘密被告知他人，在各自想法的交错中，他们有了自己的决定。 等待的话，总有一天人类会变成大人的 现在，冒险再一次进化。

缅因猫兽发生暴走，然后在这种情况下进行了重启。 缅因猫兽的离开让芽心异常苦恼，太一他们则留下芽心重新来到了数码宝贝世界。 在这里，他们和数码宝贝重聚，但数码兽们已经失去了记忆。 尽管如此，他们将再次建立联系，太一他们向数码兽们伸出了友谊的双手，数码宝贝们也回应着。 然而只有比丘兽进化到了成长期，但是在成长期时却显露出了警惕心 「都说了我不记得以前的事啊！」 武之内空向来关心别人多与自己，比丘兽此时对她却反而产生了不信任感 受伤的空停下脚步，太一和大和都不知如何安慰她。 数码世界今后该怎么办呢？ 由此，大家进行了协商。这时，突然出现了缅因猫兽的身影，随后又消失了。它为什么会留着原来的记忆，一边流泪，一边寻找芽心。 看着缅因猫兽的身影，大家坚定了要环游数码宝贝世界，救它的决心。但是，在他们面前，那个带走缅因猫兽的黑暗家伙又出现了。 就在这个时候，现实世界得西岛收到了姬川失踪的报道。 他调查了姬川到现在为止所有行为的背后，确认了她背后还隐瞒了某个目的。 而这连接着决定两人命运的过去发生的事情…… 现在，冒险再一次进化。

被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。 2005年的一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳。 17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空。 不久，古加兽出现在人类世界，并开始进行破坏。亚古兽重新出现，并和伙伴们战胜了3只古加兽。原来数码世界的数码兽被感染，在人类世界寻找望月芽心和她的数码兽。 现在，冒险再一次进化。

12只数码兽为争夺“数码兽之王”的称号，开展了激烈的赛车比赛。

看见作为同伴的望月芽心被拥有着玄内样子的谜之男人伤害了，缅因猫兽再一次暴走。「你是不应该诞生的...」在现实世界消失了的缅因猫兽，正式这扭曲的本身。因为拥有过于强大的力量，是毁灭世界的钥匙。在西岛大吾和望月博士面前现身的哈克兽向他们说明了真相。为了保持世界的协调和恒常性，要将过于强大的缅因猫兽视为危险，将其除掉。 由于暴走的缅因猫兽的出现，现实世界也出现了各种崩坏，倒计时已经开始。各地都接连不断的发生变异，通过扭曲而出现的数码兽们都在等待着那个时刻的来临。被选召的孩子们被赶出了发生异常的数码世界，回到了现实世界，之后因为和自己的数码兽在一起而被人们驱赶。虽然大家都变得孤立无援，但是还是在拼命的寻找对策。另外，残酷的命运，也向着比任何人的灵魂都要真正且纤细的八神光逼近着...现在，冒险将再一次进化。

跨越过无数次数码世界和人类世界的危机迎来的日常生活之中，人类和数码兽的共存之道初见端倪。 在这种情况下，世界再次掀起异变之前，成为大学生的太一等人集合起来。 自1999年夏天开始的他们的漫长冒险，将迎来终结之时。 这是“被选中的孩子们”即将成为大人之前，八神太一和亚古兽他们最后的冒险物语。

与现代网络社会共同产生的假想空间「数码世界」，诞生了数位生命体「数码兽」，主机「世界树」管理这个世界的全部。不过、为了建立新数码世界而要除去发展很久的这个世界的同时、「世界树」发动「Ｘ计划」要除去所有的数码兽…现在，数码世界史上最大的危机逼近了！拥有「Ｘ抗体」的多路兽及它的朋友们，应该如何应对呢？

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

知世的活跃日记 　　1.讲的是35集后OP1的拍摄过程。因为拍摄的是小狼还没有出场，所以小狼的位置是藤隆煎蛋的动作。（动画版1-8集为藤隆煎鸡蛋，9-35集是小狼） 　　2.讲的是艾里欧到樱家做蛋糕，利用小可捉弄小樱让樱把创和移变成樱卡的故事。 　　3.讲的是小樱，小狼，莓玲，知世，讨论山崎睁开眼睛的事情。经过跟踪调查，还是上了山崎的当。

在网路上，突然出现了一隻数码蛋，这隻蛋破壳后，出生了一隻数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，发生了一件意想不到的事情……

在纽约出现了一只神秘的数码兽，他利用自己特殊的力量将太一、阿和、阿空、光子郎、美美、阿丈带到了一个陌生的世界。同时，在纽约的八神光和高石武发现了这只数码兽，并且看到一个美国小孩与数码兽对话之后逃走的情况。巴达兽悄悄地尾随其后，得知这个小孩要去一个叫“花场”的地方寻找“夏天的回忆”。大家赶至那里。 收到小光的电子邮件的大辅他们马上坐飞机来到了美国……

三年前在网络世界被奥米加兽打败的超恶魔兽重生，并不断地产生自己的婴儿期，婴儿期的超恶魔兽通过手机、电脑等入侵现实世界，在现实世界形成数码蛋，最后超恶魔兽出现在现实世界，连最强的奥米加兽都被打败，最后……