黑子哲也 及 火神大我 加入了诚凛高中篮球队。相对于有着绝佳球感的火神，黑子却是一名在场上“几乎没有存在感”的球员。但其实，黑子曾是篮球强校帝光国中篮球队的一员，曾与被称为“奇迹时代”的5位天才并肩战斗，以“梦幻的第6人”的称号活跃在篮球场上。“影”与“光”的二人搭档成为校队主力，带领诚凛高中成功打进了冬季选拔赛，并在选拔赛中击败其他拥有“奇迹时代”成员的各路强队，获得了全国冠军。 就在二人升上高二后的那个暑假末尾，由一批18岁左右的美国篮球天才组成的街球队伍“Jabberwock”来访日本，并与日本男篮国家队进行友谊赛。他们以压倒性的实力让日本队惨败，还嘲笑了他们一番。 此举激怒了诚凛高中篮球队教练丽子的父亲景虎。这位曾经的日本篮球国手决定集结黑子与火神，以及“奇迹时代”的其他成员，临时组建梦幻球队“VORPAL SWORDS”，誓言向“Jabberwock”复仇！ 一场最激烈的决战，就此打响!

E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。 　　而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……

故事发生在十九世纪末的伦敦，彼时对于尸体的研究已经到达了极致，死亡并非一切的终结，那些灵魂消散肉身却永存的人们被称为“尸者”，被视作廉价而又高效的劳动力。华生（细谷佳正 配音）是一名资历优异的医学生，他的好友Friday（村濑步 配音）死于非命，追寻着好友生前的意愿，华生违反政府规定私自将其制成尸者。华生的这一举动令他被卷入了名为“沃尔辛厄姆”的谍报机构中，和Friday一起，他们踏上前往阿富汗的旅途寻找《维克多手记》，手记的主人是弗兰肯斯坦博士，手记中记载了制造拥有意识的尸者The One的方法，而目前最有可能拥有手记者，是一位名叫卡拉马佐夫（三木真一郎 配音）的牧师。