猛犸擎天柱带领巨无霸新兵小队找到了数年前失踪的白狮一行人飞船的黑匣子，得知了灭世魔能的事，并与炎冲天率领的原始兽在银河内搜寻存有灭世魔能的平衡舱，双方互有输赢。中途突然出现了神秘的三人组，他们自称灭世魔仆，并夺走了所有平衡舱，原始兽和巨无霸双方追击到了一颗小行星上。炎冲天发现，在他眼前的是数年前同人工行星复仇星一起爆炸毁灭的前任破坏大帝——惊破天。经过一番交战，发现眼前的不是惊破天，而是借助惊破天身体复活的宇宙大帝。宇宙大帝的目的是完成大帝之战（Great War）时代（G1大电影）的野心——统治全宇宙，让整个宇宙只剩下宇宙大帝自身一个生命体。而灭世魔能正是从前宇宙大帝为以防万一而封印到盖亚星的自己的能量。因为过去使用的恶魔般的身体在漫长岁月里已经彻底毁坏，想要夺取塞伯特恩为身体。宇宙大帝一路进攻到塞博特恩，并以能量体光之龙形态摧毁了整个巨无霸、原始兽联合舰队，与魔力神球结合，并在塞博特恩上出现了他象征性的大角。但因为灭世魔能绝大部分都在众多平衡仓内封印着没能取回，消灭巨无霸原始兽联合舰队时又损耗过大，能量体形态下的宇宙大帝在力量恢复前变得非常虚弱，被炎冲天抓住机会将他从魔力神球赶了出来，最后被猛犸擎天柱结合领导模块和全体巨无霸的正义之力打败。

2006年7月9日，年少的南波兄弟约定要一起成为太空人。时光飞逝到了2025年，因为当时的约定促使日日人成为NASA的宇航员，并且已要向月球迈进。另一方面，因为上司说了弟弟的坏话，让六太气愤而给了上司一记头锤，六太因此失业。振作起来的六太想要再就业也非常不顺利，因此让他变得意志消沉而颓废，但在听到事情原委的日日人当天寄了封邮件给六太，使得原本消沉度日的六太因此而振作起来，并决定重新面对梦想、朝目标迈进。某天回家后，六太收到JAXA寄来的宇航员选拔测验的书面资料考核通过的通知书(那其实是他母亲随手寄送到JAXA的文件)。六太的宇航员选拔测验的挑战现在开始。哥哥南波六太正在消沉的时候收到了弟弟南波日日人短信，想起了小时候跟弟弟一起约定的要成为与宇航员的梦想，于是重新拾起梦想振作起来努力奋斗……