1865年夏的京都，德川幕府创建的法度森严的新撰组遴选新队员，下级武士田代彪蔵（浅野忠信）和美少年加纳惣三郎（松田龙平）因剑术出类拔萃被选中。初入队，加纳即出色地完成处决破坏法度的队员的命令。 　　队中有人传言加纳和田代是一对，同时加纳与另一队员汤泽藤次郎也保有暧昧关系，不久，汤泽被杀，几番带加纳去欢场的山崎也遭人偷袭，新撰组正负组长近藤和土方（北野武）根据现场留下的短刀将田代定为凶手，并命加纳前去讨伐田代，然而实际上，一切死亡事件都系加纳精心策划，他的美貌已经使整个新撰组陷入混乱中。

水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝——拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密地看守着守护这座城市的宝石：心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗姊妹出现了，她们为了夺取心之水滴，利用探测器，找出了变成人型的拉帝亚斯，想借此查出心之水滴的下落，正好被小智撞见。怪盗姊妹想利用心之水滴的力量掌控整个水都奥多马雷，小智该如何制止她们的计划？