近未来的日本，一个叫做“疏濑”的城市中，市民过着平凡的生活，只不过，在城市的一角，山冈上面耸立着医疗机器制造厂建造的外形酷似熨斗的工厂，每天固定时刻，那个工厂都像刚烫完东西一样散发出大量蒸汽。 小学六年级学生直太，与高中女生真见美，直太那个留学的哥哥的女友，一起在河边打发时间。本该是继续平凡的日子，随着传说中的蜜蜂女——睛子驾驶的电车撞上直太而结束了。直太头上长出了奇怪的角！而睛子居然成为直太家的佣人进入了直太家。睛子的秘密与她口中常念起的“FLCL”的含义，令直太的生活有了翻天覆地的改变。

曾经名震湘南，号称史上最强暴走族鬼爆二人组，而今随着年龄增大也尘埃落定。与恋人小渚的恋情进入稳定期，弹间龙二（城田优 饰）经营一家咖啡餐厅，悠然度日。好搭档鬼冢英（AKIRA 饰）吉浪荡周游，经历了一番阴差阳错的事件后竟然被明修学苑的理事长樱井良子（黑木瞳 饰）所录取，成为一名“光荣”的教师，而他所负责的班级则是令全校教职员工最为头疼的2年4班。这里云集了一群超级问题学生：堪称军师的全国模拟考专员菊地善人（高田翔 饰）、全世界5个智商超过200天才少年之一神崎丽美（本田翼 饰）、深受理事长宠爱的孙子和久井茧、备受欺负企图自杀的懦弱少年、集中对抗教师的幕后主使相泽雅（川口春奈 饰）等。当然还有不断为鬼冢制造内山田主任（田山涼成 饰）之流。特立独行的鬼冢该为这个迂腐绝望的教育体系带来怎样的冲击？