四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在臭氧层的天空神奇宝贝—烈空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激战。战况到了最后，烈空坐原本陷入一面倒的惨况，让代欧奇希斯松懈了下来，没想到代欧奇希斯却一时大意，被烈空坐最后的破坏死光消灭，其核心沉到了海里，伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察，目睹了这一切，并带走了另一个还留在陨石内没有复活的代欧奇希斯的核心，但是小超从此变得很害怕神奇宝贝。四年后，小智等人为了挑战对战塔，造访了小超居住的高科技城市-拉鲁斯市。在阴错阳差下，小超被误当成挑战者和小智一起被送上竞技场。就在同时，代欧奇希斯又完全复活，它依据其同伴所发出的信号，来到了拉鲁斯市。烈空坐也感觉到代欧奇希斯的复活，向拉鲁斯市飞去，两只神奇宝贝的大战即将一触即发....

大都市梅陀宝丽斯，被称之为本时代进步象征的超级摩天大厦正在举行落成典礼。手握本市实权的RED先生（石田太郎 配音）台上演讲正酣，台下一名黑衣青年男子ROCK（冈田浩晖 配音）却在警备重重下公然拔枪杀人，群众一阵哗然骚乱。目睹此事的日本侦探伴俊作，携外甥剑一（小林桂 配音），开始进行全市的追凶调查。但是ROCK被判明只是射杀了机器人，凶手若无其事的离去了。梅陀宝丽斯由先进的地上部分和颓败的地下部分构成二重结构的都市体系，在这个城市生存的人类中间，有从高度发达的机器人世界中受益，享受文明技术优越性的人，也有反之被机器人夺走工作无以糊口的人，还有要求让机器人同样享有人权自由的群众团体。随着调查的深入，实施的真相渐渐浮出水面，机器人和人类最终是一起平等生存，还是一起毁灭……本片改编自手冢治虫出版于1949年的同名漫画。