在网路上，突然出现了一隻数码蛋，这隻蛋破壳后，出生了一隻数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，发生了一件意想不到的事情……

与现代网络社会共同产生的假想空间「数码世界」，诞生了数位生命体「数码兽」，主机「世界树」管理这个世界的全部。不过、为了建立新数码世界而要除去发展很久的这个世界的同时、「世界树」发动「Ｘ计划」要除去所有的数码兽…现在，数码世界史上最大的危机逼近了！拥有「Ｘ抗体」的多路兽及它的朋友们，应该如何应对呢？

自阿尔法兽出现后，东京御台场的修复工作一点点进行。 为了欢迎新加入的伙伴望月芽心，让她感受到伙伴的羁绊，回到东京的美美邀请伙伴们与数码兽们前去温泉主题公园洗浴。但是，面对即将来临的考试，城户丈缺席了这场聚会。 正在这时，受感染的数码兽奥加兽出现在御台场，在看到电视直播的奥加兽破坏情况后，芽心和缅因猫兽决定采取行动，她们将像人类展示数码兽的友善。但是，她们忽视了带回她们的意图，然而，出乎意料的结果就这样出现了。 阿丈和美美都正面对着自己的烦恼，在高中节日这天，一个男人出现在他们面前······ 现在，冒险再一次进化。

被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。 2005年的一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳。 17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空。 不久，古加兽出现在人类世界，并开始进行破坏。亚古兽重新出现，并和伙伴们战胜了3只古加兽。原来数码世界的数码兽被感染，在人类世界寻找望月芽心和她的数码兽。 现在，冒险再一次进化。

缅因猫兽发生暴走，然后在这种情况下进行了重启。 缅因猫兽的离开让芽心异常苦恼，太一他们则留下芽心重新来到了数码宝贝世界。 在这里，他们和数码宝贝重聚，但数码兽们已经失去了记忆。 尽管如此，他们将再次建立联系，太一他们向数码兽们伸出了友谊的双手，数码宝贝们也回应着。 然而只有比丘兽进化到了成长期，但是在成长期时却显露出了警惕心 「都说了我不记得以前的事啊！」 武之内空向来关心别人多与自己，比丘兽此时对她却反而产生了不信任感 受伤的空停下脚步，太一和大和都不知如何安慰她。 数码世界今后该怎么办呢？ 由此，大家进行了协商。这时，突然出现了缅因猫兽的身影，随后又消失了。它为什么会留着原来的记忆，一边流泪，一边寻找芽心。 看着缅因猫兽的身影，大家坚定了要环游数码宝贝世界，救它的决心。但是，在他们面前，那个带走缅因猫兽的黑暗家伙又出现了。 就在这个时候，现实世界得西岛收到了姬川失踪的报道。 他调查了姬川到现在为止所有行为的背后，确认了她背后还隐瞒了某个目的。 而这连接着决定两人命运的过去发生的事情…… 现在，冒险再一次进化。

12只数码兽为争夺“数码兽之王”的称号，开展了激烈的赛车比赛。

跨越过无数次数码世界和人类世界的危机迎来的日常生活之中，人类和数码兽的共存之道初见端倪。 在这种情况下，世界再次掀起异变之前，成为大学生的太一等人集合起来。 自1999年夏天开始的他们的漫长冒险，将迎来终结之时。 这是“被选中的孩子们”即将成为大人之前，八神太一和亚古兽他们最后的冒险物语。